重加算税に関連する税の説明をしたところで、では、重加算税はどのようにして課税されることになるか。

それは、税務調査が入ることによって発覚します。
税務調査とは、申告・納税された税金が正しいものであったかどうかを確認するために、国税局や税務署によって行われる調査のことです。

税務調査には、裁判所の令状に基づき行われる強制調査と、納税者の任意の下で行う任意調査とががあります。
更に、実地調査と査察調査の2つに大きく分けられます。

査察調査。これに至っては、悪質な不正所得が見込まれる納税者を対象としたもので、裁判所の発行した臨検捜索差押え令状をもって執行する強制捜査等です←映画『マルサの女』で有名ですね。