税務調査について面白い情報を見つけました。
税務署等の事務年度は毎年７月～翌年６月末日となっているのですが、実地調査率は低く、実際に調査を実施した先の不正を発見する割合は高いのが特徴です。

なぜこのようになるかとゆうと、税務署等では収集した資料の分析（机上調査）等を通じて不正が行われていると思われるところを優先的かつ徹底的に調べて、適正な申告を担保するように工夫しています。
実地調査率を落とさないようにするためにも、調査件数のノルマを課せられているのではないかといわれています。。
噂では、５月～６月にある税務調査の場合、調査が短時間で終了するケースが多く見受けられるそうです。これは６月末が事務年度の締切りに当たるため、問題点が少ないと思える先（重加算税などが徴収できなさそうな所）の税務調査をすることによって短時間で調査を完了⇒実地調査率を引き上げることが出来るという心理と、７月上旬の定期異動を控えて、時間をかけて調査を行うことが難しいこと等がその理由の一つだと思われています。
逆に、８月から１１月にかけての場合、心理的にも時間をかけて行うことも可能となってくることから、怪しそうな納税先（重加算税が徴収できそうな所）を調査対象に選択していると言われています。

これはあくまで傾向にあるだけなので、秋に税務署から連絡があったとしても、重加算税が課せられるような納税者とは限りません。
秋頃に税務署から電話があって、「重加算税を課せられる！どうしよう」などとパニックにならないでくださいね。
あくまでも予備知識までに。
それに、重加算税を課せらる様なケースはおそらくマルサなどが動くことが多いでしょうからね。
重加算税を課せられるような申告をしているかどうかは、会社自身が知っているでしょうけどね。